年末調整はいつまでに提出すればいいの？提出期限や罰則は？

年末調整は、給与計算や所得税の申告に関する重要な手続きです。正確な期間や提出期限を把握し、適切に対応することが求められます。本記事では、年末調整のスケジュール、従業員と企業の作業内容や年末調整をしなかった場合の罰則について解説します。
年末調整に関する理解を深め、適切に年末調整を実施できるように準備を進めましょう。

【毎年迫る提出期限や不備対応でお困りの人事・労務担当者様へ】
複雑な控除チェックからデータ作成、Web・書面両対応の柔軟な運用まで、実務に役立つ資料をまとめた「年末調整サポートパック」の無料ダウンロードはこちら▼

年末調整とは？

年末調整とは、会社や雇用主が従業員の給与から源泉徴収した所得税（および復興特別所得税）を調整する手続きです。年間を通じて従業員が実際に支払うべき所得税と、源泉徴収によって差し引かれた所得税との差額を調整することで、過不足を正確に計算し調整します。

これにより、従業員の所得税額が適切に計算され、過剰に差し引かれた税金が返還される場合もあります。年末調整は、従業員と企業の双方にとって公平な税金の取り扱いを実現する重要な手続きです。

年末調整に必要な書類

【実務のポイント】Web申告・マイナポータル連携によるペーパーレス化 

近年では、年末調整の申告書や各種控除証明書（生命保険料控除や住宅ローン控除など）を紙ではなく電子データ（Web申告）で提出する企業・従業員が増加しています。

• 従業員のメリット： マイナポータル連携などを利用することで、保険料控除証明書などの自動入力が可能になり、記入ミスや添付漏れを防ぐことができます。 
• 企業のメリット： 書類の配布・回収コストを削減できるほか、記載内容のチェック業務が大幅に効率化され、社内締め切りの猶予を確保しやすくなります。 

導入にあたっては、従業員へのWebツールの周知やマイナンバーカード連携の事前準備が必要となりますが、年末調整業務の負担軽減に向けた有効な選択肢となっています。

年末調整の期間と提出期限

年末調整の期間と提出期限について理解し、適切な時期に提出することで、税務処理をスムーズに進めることができます。以下では、年末調整の期間や提出期限に関するポイントを解説します。

年末調整はいつまでに提出すべきなのか

年末調整の提出期限は、従業員が会社へ提出する「社内の提出期限」と、税務署や市区町村へ提出する「法律上の最終期限」の2種類に分かれます。実務をスムーズに進めるためのスケジュール目安は以下の通りです。

区分	期限・時期	内容
社内の提出期限	11月中旬〜11月末頃	会社から配られた書類（扶養控除・保険料控除申告書など）に必要事項を記入し、証明書等を添付して従業員が提出する。
法律上の最終期限	翌年1月31日	会社が税務署や市区町村へ法定調書や給与支払報告書等を提出する最終締め切り。

年末調整の一般的なスケジュール

期日	作業内容（企業）	作業内容(従業員）
9月	・法改正の有無の確認 　国税庁の「令和8年分 年末調整のしかた」をチェック ・従業員情報の収集 ・年末調整の対象者の確認 ・各種申告書の準備
10月	・従業員へお知らせ ・従業員へ説明資料や申告書を配布	・申告書の作成 ・証明書の準備
11月	・申告書や証明書の収集 ・申告書や証明書の確認 ・不備連絡、再回収 ・従業員の年間所得の確定（賞与を含む）	申告書や証明書の提出
12月	・年税額計算 ・従業員へ所得税過不足の還付・追加徴収 ・ 年末調整関連書類の準備 （源泉徴収票・給与支払報告書など） ・従業員へ源泉徴収票を配布 ・所得税徴収高計算書に年末調整結果を反映 ・法定調書合計表を作成 ・給与支払報告書総括表を作成
1月	・源泉所得税の納付（1/10まで） （ ※納期特例の場合は翌年1/20まで） ・税務署に合計表・支払調書を提出（1/31まで） ・ 市区町村に給与支払報告書（総括表）を提出（1/31まで）
2月中旬～ 3月中旬		所得税の還付申告・確定申告

▼自社で年末調整代行サービスを導入した場合のコスト感をチェック！「年末調整代行 料金表」のダウンロードはこちら▼

「12月分1月支給」の給与は対象期間に含まれるか？

年末調整の対象となる給与は、締め日ではなく「その年の1月1日から12月31日までの間に『支給（支払い）』された給与」です。

そのため、12月に働いた分の給与であっても、支払日が翌年1月となる場合は「翌年分の年末調整」の対象となります。一方で、当年の1月に支払われた「前年12月働いた分の給与」は、当年の年末調整に含めて計算します。

自社の給与規程（当月払い／翌月払い）によって対象となる給与の範囲が決まりますので、給与の支払日基準で正しく集計しましょう。

年途中の退職者など、年末を待たずに『年末調整』を行うケース

会社が税務署や市区町村へ書類を提出する最終期限（翌年1月31日）は変わりませんが、年度の途中で「その年の年末調整（所得税の精算）」を個別に実施しなければならない特例ケースが存在します。 

最も代表的な例が「年の途中で従業員が退職した場合」です。退職によりその年の給与支払いが確定したタイミングで、会社は年末を待たずにその時点までの給与で所得税を計算・精算し、退職後1ヶ月以内に「源泉徴収票」を該当者に交付する必要があります。 

このように、年途中の退職者が発生した際は、通常の年末調整時期とは別に個別での精算実務と迅速な源泉徴収票交付が必要となります。 

年末調整の提出が遅れた場合や提出しなかった場合の罰則

年末調整を提出しなかった場合の罰則

会社（給与支払者）に罰金などの罰則が課される 

年末調整は所得税法によって義務付けられた、会社（給与支払者）の実務上の義務です。従業員個人ではなく、会社側が故意に年末調整を行わなかった場合や、虚偽の記録を税務署に提出した場合は脱税や法令違反とみなされます。 

その場合、会社に対して「1年以下の懲役もしくは50万円以下の罰金」、あるいは特に悪質なケースでは「10年以下の懲役もしくは200万円以下の罰金」が所得税法で定められています。

「延滞税」や「不納付加算税」が発生する 

年末調整による不足額の徴収が行われる場合、翌年1月10日（※納期特例の場合1月20日）が納付期限です。この期限を過ぎると、翌日から「延滞税」が課税され、2カ月以上過ぎると延滞税の税率が上昇します。

また、年末調整を期限内に行った場合であっても、計算ミス等により実際より少なく納税していた場合や、期限後に納付する場合、税務署からの指摘を受けて不足分を追納する際には、源泉所得税特有の「不納付加算税」や「延滞税」が追加で課されるリスクがあります。納付漏れや計算ミスに気付いた際は、速やかに納付手続きを行いましょう。

従業員への影響

払い過ぎた税金に対する還付金が受けられない

源泉徴収制度では、毎月の給与から概算で引き落とされる税金が、年間の実効税額より多く納付されているケースがほとんどです。しかし、会社が年末調整を実施せず正確な年税額を確定させない限り、従業員へ払い過ぎた税金（還付金）は戻ってきません。
▼還付金については、以下の記事で詳しく解説しています。

従業員が自分で確定申告をしなければいけなくなる

会社が年末調整を行わなかった場合、従業員自身が確定申告を行い、税額の過不足を精算しなければなりません。確定申告の手続きは従業員にとって大きな負担であり、企業の管理体制に対する不満から、退職につながる恐れもあります。

よくある質問（FAQ）

年末調整の適切な手続きの重要性と留意点

年末調整は、正確な情報と適切な手続きに基づいて行うことが重要です。従業員の給与計算や税金の取り扱いに誤りがあると、税務署とのトラブルや従業員への影響が生じる可能性があります。正確な期間や提出期限を守り、必要な書類をきちんと整えることで、円滑な年末調整を実施しましょう。
また、法改正などにより期限や手続きが変更されることもあるため、常に最新の情報を確認し留意することが大切です。